Учебная подготовка осуществляется в тесной взаимосвязи с Национальным исследовательским центром «Курчатовский институт», который является ведущим научным учреждением России по проблемам управляемого термоядерного синтеза и нанотехнологий. Под руководством ведущих учёных студенты ИФИТ на 3 курсе обучения проходят практику на базе исследовательского центра, получают возможность проведения исследований на уникальных установках Курчатовского института и впоследствии могут продолжить в нём свою научную карьеру.
Основной вектор данной научной работы — разработка и усовершенствование плазменных двигателей для самых различных областей применения, чем и вызвано создание новой лаборатории физики сильно неравновесной плазмы, где будут проводиться совместные исследования, направленные на усовершенствование плазменных двигателей космических аппаратов. Также ведутся работы, связанные с поиском новых методов генерации различных видов излучений и потоков частиц.
Совместно с Институтом сверхпроводимости и физики твёрдого тела НИЦ «Курчатовский институт» идут работы в рамках международного термоядерного проекта ITER, направленные на развитие промышленного производства технических сверхпроводников в России.
ИФИТ взаимодействует с институтами и научно-исследовательскими центрами Российской академии наук, учёные и студенты ведут совместные исследования, развивают научные направления.
В данный момент совместно с Институтом общей физики им. А.М. Прохорова Российской академии наук (ИОФ РАН) ведутся исследования с целью изучения воздействия лазерного излучения на биологические объекты (медицинская фотоника), формирования и исследования оптических волноводных структур для создания базовых элементов фотоники и оптоэлектроники.
Развиваются и создаются новые проекты: в лаборатории лазерной спектроскопии проводится анализ содержания тропосферного озона в атмосфере столицы нашей страны (экологическая направленность), а также исследуется новый способ анализа заболеваний по выдыхаемому воздуху с применением лазерной диодной спектроскопии.
Одно из самых молодых направлений, набирающих темп развития в институте, — низкотемпературная плазма, приложения разрядов атмосферного давления.
В тесной взаимосвязи с Институтом металлургии и материаловедения им. А.А. Байкова Российской академии наук (ИМЕТ РАН) были разработаны и спроектированы системы автоматизированного контроля и управления работой электродугового генератора термической плазмы, которые применяются при синтезе нанопорошковых материалов на основе металлов и их соединений.
Также ведётся сотрудничество с ГНЦ «ТРИНИТИ» ГК «Росатом», в рамках которого молодые исследователи могут проявить себя в поиске решений современных технологических проблем, усовершенствовании существующих методов и разработке новых.
В ходе сотрудничества была разработана автоматизированная система контроля и управления систем давления газа генератора импульсного напряжения комплекса «Ангара».
Научные деятели ИФИТ занимаются исследованиями, связанными с плазменными релятивистскими СВЧ-усилителями шума, был создан плазменный источник жесткого тормозного излучения.
Институт физических исследований и технологий совместно с Университетом Саскачевана (Саскатун, Канада) предоставляет магистерскую программу двойных дипломов, в рамках которой студент выполняет все требования, предъявляемые к степени магистра физики и инженерной физики в Департаменте физики и инженерной физики Университета Саскачевана и к степени магистра физики в Российском университете дружбы народов (Москва, Россия).
Благодаря созданному Центру прикладных информационных технологий, осуществляется тесное сотрудничество с корпорацией National Instruments по методам компьютерной диагностики, обработки результатов измерений, автоматизации научных и прикладных исследований и методикам дистанционного обучения с широким использованием аппаратных и программных решений National Instruments.
Для IT-увлеченных студентов разработана программа обучения, предусматривающая увеличение доли занятий в учебных лабораториях с использованием программно-аппаратных средств (SCXI, PXI, LabCard., VME, VXI, GPIB, FPGA и др), а также освоение и практическое применение современных программных продуктов, таких как Visual Fortran, LabVIEW, LabWindows/CVI, Measurement Studio, IMAQ Vision, Pspice, MatLab и т. п.